隐藏副本是攻城掠地中极具挑战性的特殊玩法，不同于常规副本的线性推进，这些隐藏内容需要满足特定条件才能触发。游戏内几乎每张副本地图都设计有隐藏副本入口，玩家需通过探索或完成前置任务解锁。隐藏副本中的敌人通常具备超常规的部队规模与特殊技能机制，同时奖励也更为丰厚，包含大量资源、经验值及稀有道具。部分隐藏副本还与历史事件或名将剧情深度绑定，例如白门楼、单骑救主等经典桥段。
触发隐藏副本的条件多样，可能涉及特定武将组合、装备搭配或战斗中的特殊操作。例如某些副本要求玩家在限定时间内击败精英怪，或在不被发现的情况下潜入目标区域。建业副本中的隐藏关卡需要玩家在130-140级阶段使用高统御武将阵容，如许褚、周泰等，才能激活隐藏的东吴军团挑战。部分隐藏副本存在地形机制，水域、山地、平原和城池四种地形会影响部队发挥，需根据环境调整战术。
高阶隐藏副本如240-244级的濮阳战布系列，包含郝萌、曹性等五个子副本，通关后可解锁典韦觉醒等关键内容。这类副本敌人普遍携带战车与阵法，攻防属性大幅强化，需针对性配置阵容。253级周泰副本要求玩家精确分配战车数量，利用祝融、貂蝉等武将的被动吸血和反射特性，通过数百次尝试触发幸运模式。隐藏副本的难度曲线陡峭，但成功攻克后获得的镔铁、兵书等资源能显著提升战力。
