舰队搭配的核心在于平衡火力、防御与功能性舰船的配比。一支合理的舰队通常需要包含前排抗伤单位、中后排输出舰船以及必要的支援型舰艇。前排优先选择护甲高或闪避能力强的舰船，例如装甲型驱逐舰或特种巡洋舰，它们能有效吸收敌方火力并为后排创造输出环境。中后排则需配置对舰火力突出的巡洋舰或战列舰，同时根据敌方阵容灵活加入防空或攻城特化舰船。移动速度也是不可忽视的因素，高速舰船能快速包夹敌人或执行战术撤离。
资源采集与战斗舰队的分离是发展期的关键策略。工程舰应独立编组并配备仓储舰提升效率，避免占用战斗舰队的指挥值。战斗舰队则需根据指挥值上限合理分配舰船类型，通常建议主力舰队以400指挥值为基准，前排配置6-8艘抗伤单位，中后排搭配10-12艘高攻舰船，剩余人口可分配给载机母舰或特种功能舰。增援指令的应用能临时补充高人口战舰，但需注意增援舰船的移动速度可能拖累整体行动效率。
舰船武器系统的克制关系直接影响实战表现。能量武器如脉冲炮能无视护甲对装甲单位造成有效杀伤，而导弹和鱼雷则擅长针对中大型舰船。防空舰船需针对敌方载机阵容调整比例，通常护航艇搭载防空战机是性价比最高的选择。维修舰在前期对抗NPC时作用显著，但后期因治疗量不足可替换为输出单位。攻城类舰船适合单独编组为高速拆家队，用于骚扰敌方基地设施。
纯战巡或航母编队虽火力强劲，但容易被高速护卫舰群包围消耗。建议将舰队分为主力接战队与高速输出队两组，前者负责正面推进，后者执行侧翼包抄。舰队命名时可加入战术误导信息，例如将主力舰队标注为侦查分队迷惑对手。战斗中优先集火敌方关键支援舰，如奶船或防空载机舰，能显著削弱敌方持续作战能力。
后期发展需注重舰船技术的定向强化。通过蓝图研究提升关键舰船的武器伤害或生存属性，比盲目追求稀有舰种更实际。技术值分配应优先满足前排护甲与主武器冷却缩减，其次强化中后排暴击或命中属性。载机舰的强化重点在于舰载机数量与起飞效率，而攻城舰则需优先提升对建筑伤害。定期调整舰队配置以适应战场变化，是保持竞争力的核心原则。
