神兽的分布位置与特定地形和剧情进度紧密相关。闪电鸟栖息于无人发电厂最深处，需完成主线剧情并持有全国图鉴才能触发遭遇；火焰鸟位于1号岛灯火山顶，需通过冲浪和攀瀑技能抵达；急冻鸟则藏身双子岛深处，需用岩石堵住瀑布水流后才能进入其洞穴。这三只神兽作为游戏早期可接触的传说宝可梦，分别代表了电、火、冰三种属性，捕捉前需针对性准备克制属性的队伍和状态异常技能。
超梦作为剧情核心神兽，需在通关后前往华蓝洞窟最底层捕捉。该区域需通过冲浪和攀瀑技能探索，且超梦等级高达70级，建议携带恶系或虫系宝可梦应对其超能力属性。梦幻则隐藏于红莲岛废弃研究所的特定楼层，需获得秘密钥匙才能进入，其出现具有随机性。部分神兽如洛奇亚和凤王需通过特殊事件触发，前者位于第八座彩虹岛右下方草丛，后者则出现在1号岛南部特定区域。
岩神柱位于沙漠遗迹，需调查墙壁文字并按特定路径移动激活机关；冰神柱在双子岛滑冰场区域，需完成绕场滑行解谜；钢神柱则藏身无人发电厂内部，需使用闪光技能照亮洞穴。这些神兽的捕捉不仅考验战斗能力，更要求玩家具备环境交互与谜题破解的技巧。海皇牙和古拉顿分别通过钓鱼和探索火焰山地下洞穴遭遇，其出现条件与天气系统存在潜在关联。
幽灵塔顶层的吉拉奇和诞生之岛的代欧奇希斯代表了后期神兽的捕捉难度。前者需突破火箭队封锁并躲避机关，后者需完成九岛拼图事件。雪拉比则栖息于3号岛左侧森林，需在特定时间段内探索。这些神兽的等级普遍在50级以上，建议携带高级球和状态削弱道具。游戏内神兽的分布逻辑遵循属性与环境契合的原则，如电系神兽集中于工业设施，冰系神兽常驻寒冷区域，这种设计增强了探索的真实感和沉浸感。
捕捉神兽的通用策略包括将目标血量控制在红色状态，并施加睡眠或冰冻异常以提升捕获率。闪电鸟建议使用地面系技能抵抗电击，火焰鸟推荐水系或岩石系攻击，急冻鸟则需火系或格斗系应对。所有神兽战斗前应储备充足的高级球、计时球和回复道具，部分高难度神兽如超梦甚至需要准备大师球。神兽的出现往往与主线进度挂钩，未获得相应徽章或道具时无法触发遭遇事件。
游戏内神兽的生态位设计呈现出明显的层级结构，三神鸟作为初级传说宝可梦分布较广，超梦和梦幻属于中级传说，而三圣柱与代欧奇希斯则构成高级传说体系。这种梯度分布既保证了游戏进程的挑战性，又避免了后期内容空洞化。探索时需注意某些神兽如雷公属于随机遭遇型，需在关东地区草丛反复搜索；而水君的出现则与初始宝可梦选择相关，选择小火龙的玩家需在通关后才能遭遇。
